忽必烈接管了東路軍，重新掌握軍隊的忽必烈制定了針對濕氣山地的作戰(zhàn)技巧，形勢頓時有了變化。然而在一次戰(zhàn)役中，姑娘庫撒兒不幸流產(chǎn)，忽必烈派人送庫撒兒先回去，不料途中被敵人所擒。忽必烈愛妻情切救出了庫撒兒，卻中了敵人的埋伏，自己和一小隊人馬被困山間，少年時放生的雄鷹叼來食物，幫助忽必烈渡過難關(guān)。姑娘庫撒兒卻因此終身不能生育，忽必烈認為這都是為了自己，非常內(nèi)疚，也因此對庫撒兒更加體貼，從此之后一直把庫撒兒帶在身邊。最終忽必烈率軍攻無不克戰(zhàn)無不勝，一時名聲傳遍中原。蒙哥親自率領(lǐng)的中路軍沒有進展。蒙哥的部隊飽受南方潮濕氣候折磨，蒙哥死于釣魚城之戰(zhàn)。彌留之際，他才后悔沒有聽自己弟弟的話，還懷疑忽必烈有反心，但事已至此，已無可挽回，蒙哥亡故。在蒙古管理朝政的阿里不哥早就忌憚忽必烈的雄才，為此也暗地里招兵買馬，為自己能順利繼承汗位做準備。他一看蒙哥戰(zhàn)亡，便下決心做好了殺死忽必烈的準備，下令忽必烈迅速回大本營。忽必烈長兄戰(zhàn)亡也無心戀戰(zhàn)，與南宋議和。親自率領(lǐng)部隊保護大部隊撤退。察必看穿了阿里不哥的詭計，他告訴忽必烈阿里不哥已經(jīng)心懷不軌。忽必烈知道此時回去兇多吉少，身邊的謀臣也力勸忽必烈不能回去。但是忽必烈不愿意相信昔日的好弟弟會對自己痛下殺手。做了兩手準備后帶了一百騎士兵返回。果然，阿里不哥早已派出兩千士兵圍殺忽必烈。見到弟弟真的對自己下殺手，忽必烈一瞬間悲從中來，但很快清醒過來，與阿里不哥的關(guān)系已經(jīng)無法轉(zhuǎn)變。忽必烈掉頭回撤，將兩千追兵引入自己早就設置好的包圍圈。殲滅這兩千追兵之后，忽必烈索性返回開平，自立為汗。忽必烈立汗之后，察必專心教育幾個兒子，庫撒兒也對察必的兒子真金非常疼愛，越是這樣忽必烈就越覺得虧欠庫撒兒。察必為了讓家族興旺，給忽必烈找來了另一位妻子烏蘭娜仁，為忽必烈生下了更多的兒子。然而庫撒兒卻認為這都是因為自己不能生育，始終耿耿于懷，對察必產(chǎn)生誤會，對烏蘭娜仁也百般刁難。忽必烈理解庫撒兒，盡量寬容地對待庫撒兒的行為。庫撒兒深受流產(chǎn)的影響，逐漸對嬰孩產(chǎn)生病態(tài)的占有欲，幾次三番想要加害真金。察必避無可避，最終忽必烈知道了這件事。痛苦的忽必烈想要把庫撒兒轉(zhuǎn)移到廟中，從而保證孩子們的安全。但是善良的察必用愛將庫撒兒的神智拉回了正常。

　　阿里不哥得知忽必烈竟然早于自己稱汗，大怒，也在草原稱汗。最終，兄弟相爭的局面也沒有避免，草原上升起了兩個太陽。這樣的結(jié)果讓忽必烈也很苦惱。大戰(zhàn)在即，忽必烈提出要與阿里不哥單獨說話。阿里不哥硬著頭皮出列，兩人在土丘上回顧了快樂的童年時光，但是殘酷的現(xiàn)實擺在面前，兩人都必須為了權(quán)力，為了自己背后的士兵人民而戰(zhàn)。在戰(zhàn)場上，忽必烈對阿里不哥兩次沒有趕盡殺絕，反而讓自己陷入了苦戰(zhàn)。在第二次攻打阿里不哥期間，后方的李璮也叛亂了。忽必烈回頭平定李璮之亂，得知心腹?jié)h臣王文統(tǒng)參與其中，后將王文統(tǒng)和一系列參與的漢臣處死。此時的忽必烈突然對朝政漢臣出現(xiàn)了戒備之心。他提拔財政大臣阿合馬參政，一方面可以鞏固蒙古人在地位上的優(yōu)勢，一方面削弱了漢人的權(quán)力。由于突然發(fā)生的李璮叛亂，忽必烈一時沒有力量徹底打擊阿里不哥。兩方打起了消耗戰(zhàn)。忽必烈憑借自己的戰(zhàn)略眼光，切斷了對草原的糧食物資的補給。忽必烈與阿里不哥的慘烈的決戰(zhàn)中，庫撒兒危難之時舍身保護忽必烈。倒在忽必烈懷中的一代奇女子，結(jié)束了自己的生命。忽必烈打敗了阿里不哥，終于成為了草原上的真正霸主。忽必烈將國號改為元，元朝自此開始。歷經(jīng)多年的武力與智力的角逐，忽必烈終于掃除了當下所有的強敵，成為當時世界上最大的王。