李蓮英在慈禧面前十分順從恭敬，但背后卻做了許多傷天害理的勾當(dāng)。他家鄉(xiāng)的胡萬(wàn)才雖然是犯官，卻弄了一個(gè)保外就醫(yī)。一個(gè)叫“天不怕”的人雖然是死刑犯，卻一再拖延執(zhí)行時(shí)間。七貝勒深?lèi)?ài)十三，以致因愛(ài)成狂，甚至誤了大事，被慈禧貶到東陵看守皇陵。但他做事干練，剿匪有功。慈禧十分喜歡。七貝勒為了刺激十三，故意討了一個(gè)小妾丁香，但其實(shí)并未同房。珍妃一面收受賄賂買(mǎi)賣(mài)官爵，一面不斷慫恿光緒自立，不能做慈禧的傀儡。慈禧的密探得知珍妃賣(mài)官，告知慈禧。慈禧決定靜觀其變。同時(shí)皇后隆裕也抓到珍妃痛腳——原來(lái)她竟然穿起光緒的龍袍和光緒合影。于是向慈禧告狀。十三格格覺(jué)得穿龍袍不是大事，幫珍妃解了圍。

　　在修建鐵路的過(guò)程中，拆遷成了難題。玄親王帶頭抗拆。李蓮英的三弟又帶頭私搭亂蓋，多騙補(bǔ)償款。十三格格親臨第一線，調(diào)查取證，指揮若定，終于把他們都制服了。百姓們都稱(chēng)頌不已。李蓮英也保護(hù)不了自己的弟弟，心里暗恨十三。慈禧一方面接受西方的科學(xué)技術(shù)，一方面卻愚昧的嫌棄火車(chē)的噪音，命人把火車(chē)頭去掉，用小太監(jiān)們拉著火車(chē)跑。在火車(chē)建成的慶典上，引來(lái)各國(guó)公使們的嘲笑，而不自知。但在合作的過(guò)程中，十三和張海生逐漸產(chǎn)生了感情。火車(chē)有了，慈禧又著十三去修電話、辦郵局。聽(tīng)說(shuō)有肥差，慈禧的弟弟、隆裕的父親桂祥聯(lián)手小舅子巴哈圖攬下了郵局的差事。以給百姓釘門(mén)牌的理由，橫征暴斂，要百姓付出10倍、100倍的門(mén)牌費(fèi)。此舉導(dǎo)致百姓暴動(dòng)。十三聞知此事，和百姓們一起去郵政衙門(mén)情愿。又好言相勸桂祥。但桂祥一意孤行，最終，十三格格只得將他法辦。

　　慈禧認(rèn)為此事不好出面，躲在頤和園裝不知道。桂祥的夫人大鬧頤和園，卻被十三格格頂了回去。為了平衡法辦桂祥和巴哈圖，慈禧把珍妃的哥哥作為北洋水師戰(zhàn)敗的主因入罪。珍妃眼看皇后的父親也辦了罪，自己完全沒(méi)有求情的余地。但她深知羽翼已經(jīng)被剪除，皇帝親政的夢(mèng)想更遙遠(yuǎn)了。于是努力去接近十三格格。光緒雖然勸她不要多事，以免惹怒慈禧，但她還是執(zhí)意去游說(shuō)十三來(lái)輔佐光緒。

　　十三婉言謝絕了珍妃，因?yàn)樗�認(rèn)為目前最重要的是幫助大清朝強(qiáng)盛起來(lái)。十三的表妹美琳格格回國(guó)，將西方先進(jìn)的法制觀念傳達(dá)給慈禧。慈禧也很欣賞，當(dāng)然除了全民選舉的部分。這時(shí)，珍妃所賣(mài)的官因?yàn)椴粚W(xué)無(wú)術(shù)，在皇帝面前漏了陷。又被皇后抓個(gè)正著。慈禧命十三順藤摸瓜查下去，頓時(shí)查出許多買(mǎi)賣(mài)官爵的事來(lái)。于是將珍妃打入冷宮。但光緒從此不但和皇后決裂，也再不理會(huì)慈禧。十三終于接受了張海生的感情，得知七貝勒為了她已經(jīng)病入膏肓，趕忙專(zhuān)門(mén)去了東陵和七貝勒深談。慢慢的，七貝勒開(kāi)始放下對(duì)十三的感情，又見(jiàn)丁香不離不棄的跟隨他，終于決定和十三只保持兄妹的感情，迎娶丁香。

　　李蓮英做過(guò)的壞事逐漸開(kāi)始露餡。他只得到處奔波彌補(bǔ)，又送高官許多美女。朝里有識(shí)之士開(kāi)始調(diào)查死刑犯拖延1年未執(zhí)行死刑的案子，逐漸將矛頭指向李蓮英。慈禧派十三作為欽差去調(diào)查。十三和美琳出生入死，終于拿到證據(jù)。但李蓮英快了一步，將證人殺死，于是雖然其他人都入了罪，卻無(wú)法告倒李蓮英。慈禧閑暇時(shí)跟十三學(xué)會(huì)了打乒乓球，還教會(huì)太監(jiān)們打球，組隊(duì)。各國(guó)公使夫人都感興趣，于是慈禧與法國(guó)公使夫人約好比賽。由李蓮英擔(dān)任裁判。李蓮英最后憑借黑哨令慈禧勝出。慈禧大喜。

　　慈禧在十三的勸告下，決定和皇帝一起祭拜東陵，給人以帝后和睦的印象。李蓮英的管家把這個(gè)消息賣(mài)給了匪徒。匪徒沿路狙擊慈禧。幸得七貝勒飛身相救。匪徒剿滅了，七貝勒也被打死了。一年后，十三格格挽著張海生，帶著丁香和七貝勒的遺腹子，在他的墳前祭拜。